SEMINAR FORMASIGEN BULAN SEPTEMBER 2012

SEMINAR FORMASIGEN BULAN SEPTEMBER 2012

SEMINAR FORMASIGEN III/2012

KARAKTERISASI KROMOSOM ULAR LARE ANGON
Xenochrophis vittatus (Linnaeus, 1758) POPULASI PIYUNGAN, KABUPATEN BANTUL, PROVINSI DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA

Berry Fakhry Hanifa, S. Si.

Identifikasi ular Xenochrophisvittatus telah lama dipelajari dan umumnya dilakukan dengan kajianmorfologi. Kajian sitologiterutamakaryotipe hingga saat ini masih tergolong jarang di IndonesiadansampaisejauhinibelumadapenelitiantentangkaryotipeularX.vittatus. Karyotipesendiriadalahsusunan set kromosom yang disusunberdasarkanukuran, bentuk, danletaksentromersuatuindividu yang sifatnyakhasuntuktiapspesies. Kromosomsebagaiagen pembawa sifat yang dikode dalam informasi genetik dan dapat diwariskan yang terdiri dari DNA, RNA, protein histon, dan non-histon. Salah satukarakterkhas yang dapatditemukandalam karyotype ularadalahditemukannyamikrokromosom. Tujuanpenelitianiniadalahuntukmengetahui karakter kromosom ular X. vittatus dilihat dari jumlah, bentuk, ukuran kromosom dan formula karyotipe.Manfaatpenelitianiniadalahuntuk memberikan informasi ilmiah mengenai karakter kromosom spesies ular X.vittatus yang dapat digunakan untuk melengkapi data sebelumnya untuk identifikasi ular spesies X. vittatus.

Metode yang dilakukanmeliputibeberapatahapanyakni sampling lapangan, kulturdarah, danpreparasikromosom.Darahyang diperolehdiambilsebanyak 0,3-0,5 ml dandimasukkankedalam tube berisiEDTA. Selanjutnyadimasukkankedalam flask kultur yang telahdiididengancampuran 7 ml medium kulturdan 0,1 ml phytohemaglutinin.Kulturdiinkubasi72 jamsuhu 37 ± 0,5oC dengankadarCO2 5%. Flask kultur setiap hari digoyang.Dua jam sebelumpanen, ditambahkan0,2 mlkolkhisisn0,5% dandigoyang kembalisetiap 30 menit. Suspensisel yang diperoleh disentrifuse dengan kecepatan 750 gravitation selama 10 menit.SupernatanlaludibuangdanditambahlarutanKCl0,56% sebanyak 4 ml, dibiarkan 1 jam denganpengadukansecarahati-hati setiap15 menit. Sebanyak 2 ml larutanCarnoyditambahkandanlaludisentrifusedengankecepatan 750 gravitation selama 10 menit. Hal ini dilakukan sebanyak 2 kali hingga diperoleh endapan yang selanjutnya endapan tersebut difiksasi dengan larutan Carnoy 1-1,5 ml. Dalam preparasi kromosom, darah diteteskan pada slide dengan ketinggian 15-20 cm. Setelah kering, dipulas dengan larutan giemsa dan diinkubasi selama 30-60 menit pada suhu kamar. Setelah itu dikering anginkan dan diamati dibawah mikroskop dengan perbesaran minimal 40×10.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa Jumlah kromosom diploid (2n) X.vittattuspopulasi Daerah Istimewa Yogyakarta adalah 34 buahkromosom (17 pasangkromosom), dengan formula karyotipe 2n = 2x = 34 = 12 m + 14 sm +  8 mikrokromosom. Ukuran absolutkromosom ular LareAngon populasi Piyungan, KabupatenBantul, Daerah Istimewa Yogyakarta yaitu: ukuranpanjangabsolutterpendekadalah 0,5088 ± 0,013 µm sedangkanukuran absolute kromosomterpanjangadalahTerpanjang : 2,9335 ± 0,1772 µm. Nilai R ularLareAngon 5,9106 ± 1,1265.

Pertanyaan:

Andika: Apa fungsi mikrokromosom? Berdasarkan data yang diperoleh, dapatkah dibedakan antara mana karyotype ularbetina atau jantan?Dimanakah letak kromosom seks-nya?

Jawaban:masih kurang tahu fungsi mikrokromosom. Ular yang dijadikan sampel diambil secara random, mengingat sulitnya preparasi karyotype. Secara morfologi, dapat dibedakan jantan dan betina. Letak kromosom seks ular ada di pasangan kromosom no.4. namun dalam hasil penelitian ini, tidak terlalu jelas bentuk kromosom seksnya.

Rani: Berapa lama waktu yang dibutuhkan untuk proses karyotyping? Adakah SOP dalam proses pembuatannya? Dan mengapa kromosom ular kecil?

Jawaban: pembuatan tidak susah dan tidak terlalu lama, sekitar 21-30 hari. Namun, pengamatan yang dilakukan memang memakan waktu. Banyak metode yang digunakan dalam preparasi, sehingga standard pembuatannya tidak selalu sama. Susah untuk dijawab….kecuali pertanyaannya adalah “mengapa bentuknya demikian?”.Jawabannya adalah berhubungan dengan sejarah evolusioner. Semakin mendekati telomere, semakin maju/modern.hubungannya dengan peristiwa crossing over. Hehe..

Rozikin: Bagaimanaakurasipengaturankontrasdalampengamatankromosomdenganmenggunakanmikroskop?

Jawaban:Kontrasdiaturhingga ideal. Akurasi yang diperolehmemangtidakdapat 100%, namunsetidaknyaberusahauntukmendapatkan yang hasilataukekontrasan yang paling baik.Olehkarenaitu, digunakanbanyakulanganuntukmemperkecil bias.

Budi: Bagaimanacaramenatakromosom? Dilihatdarigambar yang dipresentasikan, nampakkromosomtersusunmenyebar.

Jawaban: DapatdenganbantuansoftwareAutoCap Map 9 danpewarnaandenganmenggunakan Photoshop.

Ardo: Apakahartidari 2n dan 2X?

Jawaban: (garuk-garuk)…..n=set haploid, x=set kromosom original. Sangatmembantudalammembuat formula kromosomindividu aneuploidy.

DNA PROFILING SUKU JAWA BERDASAR PENANDA STR (SHORT TANDEM REPEAT) UNTUK KEPENTINGAN FORENSIK

 

Arif Luthfi Nurul Huda,S.Si

Setiapetnis di Dunia, termasuk Indonesia, memilikikekhasanprofil DNA. Salah satumetode yang digunakandalamanalisisprofil DNA adalahmetode STR.MetodeSTR  (Short Tandem Repeat)digunakansisipannukleotidapendek (2-5 bp) yang berulangdandisebar di seluruhgenom.Kelebihanmetode STR adalah rata-rata mutasilebihtinggi, dapatdigunakanuntukdeteksimutasi, danhasil multiple alelberadapadatingkatanheterozigositas yang tinggi(Butler,2005). MetodeinijugadapatdigunakanuntukUjipaternalitasdananalisisforensik.Menurut Simon (2011), Sebanyak 41,7% penduduk Indonesia merupakanetnisJawa. Berdasarkanpenelitian yang telahdilakukan Collins, et. al (2004), lokus-lokus yang menjadipenandaprofilsukujawadiantaranyalokus: D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D3S1358, TH01, D13S317, D16S539, D2S1338, D19S433, vWA, TPOX, D18S51, Amelogenin, D5S818, dan FGA. Tujuanpenelitianiniadalahuntukuntukmengetahuikekhasanprofil  DNA populasisukuJawaberdasarkanpenanda STR. Manfaatpenelitian DNA profiling sukuJawainiadalahdiperolehdokumentasi data profil DNA populasitersebut di kepolisian, analisisforensikdanpemerintahan. Manfaat dalam hubungannya dengan pemerintahan antara lain mencakup sosial kependudukan danmembantu aparat penegak hukum dalam data kependudukan, pembuatan KTP, penanganan bencana massal, kejahatan, terorisme, dan keimigrasian.

Sampling dilakukan di Sangiran pada tanggal 21 Januari hingga 15 Februari 2011. Sampel darah diambil dari beberapa probandus yang merupakan ”galur murni” suku Jawa dan kemudian dieksaminasi. Uji laboratorium selanjutnya dilakukan di Laboratorium DNA Pusdokkes Mabes POLRI, Jakarta Timur, dari bulan Juni hingga Agustus 2011. Sampel darah diekstraksi DNA-nya dan dilakukan kuantifikasi dengan menggunakan Quantifiler® Human DNA Quantification. Hasilkuantifikasilaludiamplifikasidanamplikon yang diperoleh di elektroforesissecarakapilarielektroforesidandigunakan 16 markakapiler.Elektrogram, sortasialel, dankonversi data yang diperolehkemudiandianalisis.

Hasilpenelitianmenunjukkanbahwaprofil DNA SukuJawapadafrekuensialeltertinggiadalahpadanomoralel 9 lokus TH01, nomoralel 8 lokus D13S317, nomoralel 14 lokus D19S43 dannomoralel 22 lokus FGA. Sedangkankarakterkhasprofil DNA SukuJawapadafrekuensialelterendahadalahpadanomoralel 33, 35,2, 37,2 dan 38 lokus D21S11, nomoralel 7 lokus D7S820, nomoralel 16 dan 17 lokus CSF1P0, nomoralel 7, 10 dan 19 lokus D3S1358, nomoralel 11 lokus TH01, nomoralel 8, 21 dan 23 lokus D16S539, nomoralel 8 lokus D2S1338, nomoralel 9 dan 13,2 lokus D19S433, nomoralel 7 dan 25 lokus D18S51, nomoralel 19 dan 21 lokus D5S818 sertanomoralel 11, 13 dan 19 lokus FGA.

 

Elsya: Bagaimana profiling individu yang berdarahsuku “campuran”?

Jawaban: Profil yang diperolehpastimerupakan hybrid dariprofilsukukeduainduk. Sampel yang diambildalampenelitianiniharus “berdarahmurni” jawa.Karena yang ingindilihatadalahprofildarahsukujawaasli.

Andika: Apakah STR merupakansatelit? Syaratapasaja yang harusdipenuhisuatulokus yang dijadikanprofil?

Jawaban: STR memangmerupakansebuahsatelit. Syaratnyaadalahharusspesifik dank has. Selainituberdasarkanpenelitian yang telahdilakukansebelumnyamengenailokusapasaja yang dapatdigunakandalamkarakterisasi.

Kurna: Mengapaharus di Sangiran? Apakahsampeltidakrusakmengingattenggangwaktu yang lama antarapengambilansampeldanpreparasi?

Jawaban: Hubungannnyasecarahistorisdenganmanusiapurbatertua yang pernahditemukan di Sangiran. Harapannyamasihadakemiripanprofildengasukujawa.Tidakrusak, sampel yang diperolehlangsungdimasukkankedalam refrigerator.

Ali: Apakah marker ditambahkansecaraindependensaatrunning?

Jawaban: penambahan marker dilakukansaattahapquantifikasidandiberikanpadasaat yang bersamaan (marker dalam 1 reagen).

Vitri:Karakterapa yang menentukanseseorangdivonis “sukujawa”?

Jawaban: secarafenotip; kulitsawomatang, matalebihlebarjikadibandingkandengansukusunda. Gen yang mengekspresikan melanin padasukujawalebihaktif.

Rani: Apakahdiluarnegerisudahdilakukan DNA profiling?

Jawaban: Australia sudahmembuatmappingras yang ada di Asia Tengah dan Barat, danmasihbanyaklagi

SEMINAR III/2012 FORMASIGEN

SEMINAR III/2012 FORMASIGEN

dont miss it!! =D

SEMINAR II/2012

Image Kamis 3 Mei 2012; “Aplication of Moleculer and Conventional Genetics”

Sesi Pertama diisi oleh Isna Rasdiana Aziz S.Si.  dengan judul penelitian “Aplikasi Multipleks RT-PCR untuk Deteksi Cymbidum Mosaic Virus (CymMV) dan Odontoglosum Ringspot virus (ORsV) pada Anggrek di Jawa dan Bali”. Penelitian ini dilatarbelakangi oleh banyaknya kasus inveksi tanaman anggrek akibat virus. Virus yang menginfeksi tanaman anggrek misalnya adalah  Cymbidium mosaic virus (CymMV) serta Odontoglosum Ringspot Virus (ORsV) yang dapat menyebabkan perbedaan fenotip bunga secara drastik.  orsv menyebabkan color breaking dan distorsi pada bunga. Masalah yang diangkat dalam penelitian ini adalah apasa sajakah jenis anggrek yang dapat terinfeksi, apakah virus tersebut dapat dideteksi dengan RTPCR serta apakah gejala yang timbul pada tanaman indikator dan tanaman anggrek.

Di Sesi Kedua, beliau yang tampil adalah Genesiska S.Si, penelitian yang dipresentasikan berjudul “Pewarisan Karakter Fenotipik Buah Melon (Cucumis melo L.) Kultivar Gama Melon Basket Hasil Teknik Seleksi Buah”.

Hal yang melatarbelakangi penelitian ini adalah keinginan untuk menemukan metode terbaik dalam budidaya melonb. Perakitan dan pengembangan varietas baru dan unggul Gama Melon Basket sudah ada dari dulu, namun Kenyataan dilapangan : petani butuh pengembangan budidaya yang solutif mengopltimalkan produk panen dari hasil seleksi buah. Permasalah yang diangkat adalah bagaimanakah kestabilan karakter kultivar yang diuji, serta apakah inovasi yang dilakukan berperan dalam peningkatan kualitas maupun kuantitas melon yang dibudidaya.

Materi yang disampaikan secara lengkap dapat diperoleh dari :

Materi I: http://www.mediafire.com/view/?ewd397zxb7mmwzc

Materi II: http://www.mediafire.com/view/?dvhs1tude1k3057

Berikut adalah hasil diskusi yang dilakukan dalam seminar:

1. mbak isna, 3 seleksi buah, ada pengaruh dak di kualitas pembuahan.

Jwb Agak kurang manis daging buahnya

2. raditya (fak pertanian) : control thdp kemanisan

Jwb: pke test organoleptik. Idealnya sih pake alat. Kurangtau nama alatnya.

3. sri (bio) : kenapa pilih melon sbgai penelitiannya? Bs ga buah lain dianalisis untuk penelitian yg sama?

Jwb: awalnya melon di lab genetika sbgai buah yg cukup pnting , selain itu di Indonesia melon merupakan holtikultur unggul yg benihnya masih impor. Untuk buah lain, bisa. .misalnya tomat. Tp yg lainnya blm tau.

4. nimas (bio) : faktor2 yg mempengaruhi tercapainya tujuan penelitian melon mb siska. Trus kendala dan saran untuk pnelitian selanjutnya,apa.

Jwb: sebaiknya tau cuaca dan kondisi, sehingga bs diantisipasi. Jadi melon sampel nya ga bisa sampai hanyut dan hilang. Trus tanaman kanan kiri dari tanaman yg diteliti jg harus sehat,krn akan lebih maksimal hasilnya. Tanaman yg sehat akan lebih produktif

5. andhika: metode perakitan gmn? Nah itu ka nada net nya. . nah itu dari indukan yg mana?

Jawab: indukannya dari melon yg F2 B5, perakitannya bisa ditanyakan ke pak budi. Tapi biasanya itu rahasia

6. mb dewi: tanaman tadi2 itu kan menghasilkan jmlh tnmn yg berbeda2, iti dari bibit yg sama ato enggak

Jawab: itu bisa saja terjadi, bisa ppuluhan buah, bahkan, tapi jumlahnya kita yg control, jadi calon buah byk yg dipotongi agar pertumbuhannya cepat (berhubungan dg optimalisasi translokasi fotosintat).

7. andhika : kenapa ga pake PCR biasa? Knp pke RT PCR?

Jwb: RT PCR spesifik untuk virus kan virus gapunya DNA,adanya kan RNA. Jadi pakenya RT PCR. Klo virus DNA mungkin bisa lgsg pk PCR.

8. genesiska: td ada kejadian penyakit dlm persen, nah gmn ngitungnya?  Simplex? Multiplex?

Ada rumusnya, dan itu gampang sekali. =)

Multiplex : dua target dalam satu reaksi

Simplex: satu target satu reaksi

9. mas adit: ngitung bp?

Jwb: Sudah ditentukan dari penelitian sebelumnya mengenai bp dari virus tersebut.

10. ardo: knp virusnya diinfeksikan dulu ke anggrek baru kmdian pd tnmn lain? Knp pake cDNA dan RNA?

Jwb :-  untuk tujuan propagasi virus, pertumbuhannya cepat. Dlm 3 hari sudah mengalami gejala terinfeksi. Klo di anggrek kan lama baru terinfeksi.

-agar bisa dibandingkan. Sehingga didapati kesimpulan yg  bs dipakai untuk penlitian selanjutnya yaitu Lebih baik mencampurkan cDNA nya drpd RNA nya

Image

ImageImage

PPT Seminar 1/2012 (induksi ketahanan anggrek)

PPT Seminar 1/2012 (induksi ketahanan anggrek)

 “Induksi Ketahanan AnggrekPhalaenopsis terhadap Penyakit Busuk Lunak dengan Introduksi Bakteri Endosimbion”r”

PPT Seminar 1/2012 (peningkatan mutu ayam)

PPT Seminar 1/2012 (peningkatan mutu ayam)

“Peningkatan Mutu Ayam (Gallus gallus, Linnaeus 1758) Pedaging Lokal Melalui Persilangan Ayam Keturunan Ayam Pelung dan Ayam Broiler”

SEMINAR FORMASIGEN (13/04/2012)

Alhamdulillah,, akhirnya terlaksana juga niatan teman2 FORMASIGEN untuk membangkitkan kembali seminar penelitian yang sempat terhenti. Seminar pertama yang dilaksanakan pada tahun 2012 ini mengambil tema “genetics for agriculture”. Acara seminar dibuka dengan sambutan oleh bapak Dr. Budi Setiadi Daryono M. Agr. Sc. selaku kepala Laboratorium Genetika F.Bio UGM. Beliau menyampaikan kembali sejarah singkat terbentuknya FORMASIGEN. Forum ini diinisiasi oleh sekelompok mahasiswa yang saat itu sedang melakukan penelitian di lab genetika.  Akhirnya FORMASIGEN secara resmi dibentuk pada tahun 2007 dan terus dikembangkan hingga saat ini, dengan ketua pengurus periode 2012 adalah Arief Muamar (BIO’09). Harapannya, seperti yang disampaikan Arief pada Sambutan berikutnya, semoga niatan baik teman2 bisa terus berlanjut dan semua pihak dapat memperoleh manfaatnya.. Amiiinn… =)

Presentasi pertama oleh Rizkie Satria Utama (Bio’o7) dengan judul penelitian “Peningkatan Mutu Ayam (Gallus gallus domesticus, Linnaeus 1758) Pedaging Lokal melalui Persilangan Ayam Keturunan Ayam Pelung dan Ayam Broiler “.

Latar belakang penelitian ini adalah tingginya konsumsi ayam pedaging di Indonesia dan sebagian besar pasokan daging berasal dari ayam pedaging import, bukan ayam pedaging lokal. Selain itu, teknik pemuliaan hewan ternak masih dilakukan secara tradisional. Usaha pemuliaan ayam kampung yang telah dilakukan meliputi perbaikan cara pemeliharaan secara intensif  dan semi intensif, dan perbaikan mutu secara genetik yang dapat dilakukan melalui persilangan. Penelitian ini merupakan penelitian lanjutan persilangan antara ayam Pelung dan ayam Broiler. Pelung dipilih karena memiliki pertumbuhan dan postur tubuh yang bagus dan pertumbuhan ini dipengaruhi oleh bentuk indukkan, kesehatan, nutrisi, dan lingkungan. Broiler dipilih karena memiliki daya produktivitas yang tinggi dan banyak dibudidayakan di Indonesia serta sudah dapat dipanen dalam usia 5-6 minggu (mencapai 2 Kg). Keunggulan Ayam Broiler adalah efisiensi pakan tinggi, daging empuk, dan pertumbuhannya lebih cepat dibandingkan ayam jenis lain. Namun ayam ini lebih rentan terhadap penyakit dan perlu pemeliharaan intensif.

Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajarikarakter fenotip yang bersifat kualitatif dan kuantitatif anakan hasil persilangan indukan jantan F1 merah yang disilangkan dengan  betina Backcross (BC1) coklat muda dan coklat tua. Selain itu, untuk membandingkan karakter fenotip yang bersifat kualitatif dan kuantitatif anakan hasil persilangan indukan jantan F1 merah yang disilangkan dengan  betina BC1 coklat muda dan coklat tua dengan anakan ayam Pelung dan anakan broiler.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah dengan menempatkan ayam jantan dan betina dalam satu kandang. Setelah terjadi perkawinan dan betina telah menghasilkan telur, telur-telur yang diperoleh kemudian ditetaskan secara konvensional. Ayam yang berhasil menetas ditumbuhkan hingga dewasa dan ditimbang berat badannya. Hasil persilangan menunjukkan bahwa anakkan yang dihasilkan memiliki bobot tubuh diantara Broiler dan Pelung. Karakter kualitatif fenotip ayam backcroos2 persilangan ♀BC1 coklat muda x ♂F1merah dan ♀BC1 coklat tua x ♂F1merah  memiliki warna bulu tubuh yang didominasi warna coklat dengan kaki yang didominasi oleh warna putih. Untuk karakter kuantitatif (bobot) pada usia 7 minggu ayam backcroos2 persilangan♀BC1 coklat muda x ♂F1merah adalah  1129,6±176,08 gram dan ♀BC1 coklat tua x ♂F1merah adalah 901,33±183,115 gram.Ayam backcrooshasil persilangan ♀BC1 coklat muda x ♂F1merah dan ♀BC1 coklat tua x ♂F1merah memiliki karakter kualitatif seperti ayam Pelung, tetapi dengan bobot  yang mendekati ayam broiler

Pertanyaan:

  1. Mengapa penimbangan dilakukan pada saat usia ayam mencapai 7 minggu? Bagaimana cara mengawinkan ayam yang diteliti? Dan apakah perbedaan antara pemeliharaan ayam secara intensif dan ekstensif ? (Mas Adit 07)

Karena pada usia tersebut, ayam mencapai bobot maksimum sehingga dapat diketahui dengan jelas, ayam hasil persilangan tersebut memiliki bobot diantara Broiler dan Pelung.

Ayam dikawinkan dengan cara konvensinal, yaitu dengan penempatan betina dan jantan dalam 1 kandang.

Pemeliharan intensif         : dikandang, tidak dilepas (cara pemeliharaan ayam broiler)

Ekstensif                            : dilepas di lapangan (cara pemeliharaan ayam kampung)

  1. Adakah sifat atau fenotip yang muncul, yang merupakan kolaborasi fenotip kedua induk? (Anonim)

Ada, Yang terjadi adalah heterosisis atau perpaduan sifat unggul antara 2 indukkan yang berbeda. Kaki merupakan fenotip yang dibawa individu jantan dan merupakan fenotip dominan.

  1. Rencana Maz Rizki kedepan setelah dilakukan penelitian ini, apakah ingin jadi pengusaha pelung atau menikah dengan anak pengusaha pelung? (Bu Ganies)

Jika ada kemungkian untuk dibuakanya peluang usaha, why not……hehehheh

 Presenter kedua adalah Dewi Nur Anggraeni, S.Si. (PBI’09). Judul penelitian beliau adalah “Induksi  Ketahanan  Anggrek  Phalaenopsis sp. Terhadap  Penyakit  Busuk  Lunak  dengan Introduksi Bakteri Endosimbion”.

Anggrek merupakan tanaman hias yang memiliki estetika tinggi. Salah satu genus anggrek yang yang dikenal adalah Phalaenopsis sp. Namun, banyak hama yang menginfeksi tanaman ini salah satunya adalah penyakit busuk lunak yang disebabkan oleh Pectobacterium sp. Gejala yang timbul adalah adanya bercak hitam pada daun yang menyebabkan kebusukan dan berujung pada kematian tanaman. Patogen ini tersebar di daerah tropis dan dapat ditularkan melalui alat pertanian dan penyiraman air pada tanaman. Bakteri endosimbion merupakan bakteri yang hidup bersimbiosis dengan tanaman dan dapat menghasilkan ketahanan tanaman. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui golongan dari bakteri endosimbion pada tanaman anggrek yang memiliki nilaipenghambatan yang paling besar terhadap penyakit busuk lunak, mengetahui hubungan kekerabatan bakteri endosimbion tersebut dan mengetahui ketahanan tanaman anggrek terhadap penyakit tersebut serta cara aplikasi introduksi yang paling baik.

Sampel anggrek diambil dari beberapa nursery dan hutan Wonosadi. Kemudian bakteri endosimbion diisolasi dan isolat yang diperoleh diuji antagonis dengan isolat Phsl2 dalam YPA 0.5%. bakteri yang diperoleh lalu difiksasi dan diwarnai dengan safranin. DNA bakteri diperoleh diekstrak dengan metode CTAB. DNA hasil ekstraksi di PCR dengan menggunakan primer 16S RNA. Amplikon disequencing dan hasil yang diperoleh dianalisis dengan Program DNA Star. Selanjutnya analisis filogenetik dibuat dengan MEGA 5. Untuk uji ketahanan bibit anggrek, bibit diaklimatisasi selama 2 bulan untuk kemudian diberi beberapa perlakuan yaitu direndam, disiram, direndam dan disiram, disuntik, dan kontrol. Selanjutnya, bibit diinokulasi bakteri busuk lunak dan diamati pengaruhnya setelah 14 hari.

Bakteri endosimbion yang telah diisolasi dari 13 tanaman anggrek, diperoleh 106 isolat bakteri yang terbaik dalam menghambat pertumbuhan penyakit busuk lunak secara in vitro. Dari 106 isolat bakteri tersebut dipilih 1 isolat bakteri yang memiliki zona hambat terbesar diantara isolat bakteri endosimbion lainnya. Isolat bakteri endosimbion yang terpilih adalah isolat no. 9 (TbPh7). Hasil analisis filogenetik dengan program MEGA5 menunjukkan bahwa hubungan kekerabatan bakteri endosimbion isolat no. 9 (TbPh7) sebagai isolat terbaik. Isolat  ini merupakan bakteri yang termasuk dalam golongan  Bacillus sp. dan berkerabat dekat dengan Bacillus polyfermenticus, Bacillus amyloliquefaciens, dan  Bacillus velezensis dengan nilai indeks similaritas yang diperoleh sebesar 100%.Perlakuan yang diberikan dengan introduksi bakteri endosimbion berbagai variasi perlakuan memperlihatkan adanya peningkatan ketahanan tanaman anggrek Phalaenopsis sp. terhadap penyakit busuk lunak. sebagian besar dari hasil uji masuk dalam kategori agak resisten terhadap penyakit busuk lunak.

 

Pertanyaan :

  1. Mengapa introduksi dapat berpengaruh terhadap keefektifan kinerja bakteri endosimbion? (Maz……)

Hubungannya dengan luas bidang interaksi antara sel-sel bakteri endosimbion dengan sel-sel tumbuhan. Injeksi memiliki luas kisaran yang lebih sempit. Metode rendaman lebih efektif disebabkan oleh kisaran area persebaran bakteri endosimbion yang lebih luas sehingga meningkatkan efisiensi dalam menghambat aktivitas bakteri busuk lunak.

  1. Apa yang dimaksud sequencing? (Anonim, anak TP)

Proses yang dilakukan untuk mengetahui urutan nukleotida suatu fragmen DNA atau asam  nukleat. Salah satu metode sekuensing adalah dengan menggunakan metode dideoxy, yaitu pencetakankomplemen DNA atau asam nukleat template dengan menggunakan ddNTP (nukleotida yang kehilangan 2 atom O). Fragmen DNA/asam nukleat yang hasil cetakan kemudian dielektroforesis dan dibaca urutannya oleh sensor mesin sequencer.

  1. Bagaimanakah mekanisme uji antagonitas?

Uji ini berdasarkan prinsip adanya aktivitas penghambatan antara 2 atau lebih isolat yang diyakini memiliki sifat saling berlawanan (antagonis) yang ditandai dengan terbentuknya zona jernih pada medium biakkan.

  1. Apa suka duka yang dialami saat melakukan penelitian? (Bu Ganies)

Sukanya dukanya karena jarak antara Pertanian dengan Biologi yang lumayan jauh apabila harus ditempuh dengan jalan kaki, harus pulang pergi Pertanian-Biologi dan konflik dalam penelitian.

 

Nah,, demikianlah sedikit yang bisa saya sampaikan mengenai seminar VIII FORMASIGEN kemarin. Kami berharap semoga apa yang disampaikan dapat bermanfaat bagi teman2 yang sudah berkesempatan hadir. InsyaAllah akan ada Seminar berikutnya dengan tema-tema dan hasil penelitian yang tidak kalah menarik,, untuk itu kami harapkan teman2 bisa hadir kembali untuk saling berbagi ilmu..
sekian dulu,, terimakasih banyakk.. =D

FORMASIGEN….. !!!!! (belom punya jargon,,, hhehe)

#informasi Seminar berikutnya menyusul yaa,, untuk korespondensi bisa melalui Facebook di Formasigen Bio Ugm atau email formasigen_biougm@yahoo.com

 

ImageImageImageImageImage

Image